В 1969-1991 годах Юхан Ааре работал журналистом в различных СМИ: газетах, радио и телевидении — в том числе Säde, Eesti Raadio, Noorte Hääl и ETV.

В 1988 году был одним из основателей Движения эстонских зелёных. В марте 1989 г. избран народным депутатом СССР от Пярнуского городского национально-территориального округа Эстонии. Был членом Совета Национальностей Верховного Совета СССР, членом Комитета Верховного Совета СССР по вопросам экологии и рационального использования природных ресурсов.

В 1992—1999 гг. был депутатом эстонского парламента (Рийгикогу). Входил в состав комиссии по иностранным делам, был председателем парламентской группы Эстония — Россия.

В 2002-2005 годах Ааре возглавлял волостное собрание Вихула (Ляэне-Вирумаа).

Ааре является автором ряда книг, документальных фильмов. Он был многогранно талантлив. В юности выиграл чемпионат Эстонии среди молодежи по конному спорту (1961), играл барабанщиком в одной из первых эстонских рок-групп Pop-Omega. В 1993-1998 году занимал пост президента Эстонского союза конного спорта, являлся членом Эстонского олимпийского комитета. Кавалер Ордена государственного герба IV класса.