М-96 воевала на Балтике с 1941 года и участвовала во всех кампаниях Краснознамённого Балтийского флота. Она успела даже совершить боевой поход на Ладожское озеро. Подлодка занималась разведкой и высадкой разведчиков у вражеских баз.

В последний боевой поход М-96 вышла 7 сентября 1944 года под командованием капитан-лейтенанта Николая Карташова. Она должна была преодолеть немецкое минное заграждение ”Зееигель” и вести разведку в Нарвском заливе. Уйдя в море, М-96 на связь больше не выходила.
Российская ”Разведывательно-водолазная команда” искала лодку более 3-х лет. Водолазы считали, что М-96 погибла на минных заграждениях ”Зееигель”. Специалистам помогли поисковики из эстонской команды Maxstar Expedition. Они обнаружили гидролокатором объект, похожий на подводную лодку. Погрузившись к нему, российские водолазы подтвердили, что нашли М-96.

Оказалось, что лодка форсировала все минные заграждения, вышла в район рекомендованной позиции и приступила к выполнению боевой задачи. При этом она смогла незаметно пройти мимо дежуривших в Нарвском заливе немецких субмарин, сообщила ”Разведывательно-водолазная команда” в соцсетях.

Очевидно, М-96 погибла ночью 10 сентября 1944 года в надводном положении во время зарядки аккумуляторных батарей. Именно в это время немецкая подводная лодка, находившаяся в Нарвском заливе, зафиксировала взрыв своей гидроакустикой мины.

Подводная лодка М-96 была единственной подводной лодкой, потерянной Балтийским флотом в 1944 году. Вместе с подводной лодкой погибло 22 члена экипажа.