Распоряжением от 7 марта 2005 года правительство сформировало комиссию экспертов для расследования обстоятельств транспортировки военной техники на погибшем пароме "Эстония". Перед комиссией было выдвинуто шесть вопросов, касающихся транспортировки военной техники в течение трех дней 1994 года. Комиссия проработала полгода.

6 октября 2005 года было решено продлить работу комиссии, чтобы дополнительно расследовать важные моменты обстоятельств гибели парома "Эстония", которые до этого не были достаточно тщательно изучены. Поскольку в отношении транспортировки военной техники комиссия не нашла фактов, опровергавших приведенные в первой части отчета доказательства, в данном отчете решено было сосредоточиться на последней задаче.

В ходе работы комиссия изучала шесть вопросов.

1. Какие существуют доказательства, что крепления визира не были повреждены в результате взрыва? Были ли соответствующие исследования проведены с достаточной тщательностью?

2. Была ли для установления всех значительных повреждений в ходе водолазных работ исследована и заснята нижняя часть корпуса судна на всем его протяжении?

3. Были ли в показаниях спасшихся существенные противоречия?

4. Имелись ли важные показания, экспертные оценки или общеизвестные факты, оставшиеся без внимания в отчете (первой) совместной комиссии.

5. Существуют ли факты, позволяющие утверждать, что какие-либо важные доказательства или исследовательские работы были сокрыты от членов следственной комиссии и/или общественности? Могли ли таковые факты поставить под сомнение объективность расследования.

6. Имели ли место в данное время в Эстонии, Швеции или Финляндии еще водные происшествия, гибель судов, которые были бы защищены государственной тайной любой степени?

На все вопросы, кроме третьего, даны неудовлетворительные ответы, что ставит под сомнение профессионализм и объективность (первой) совместной комиссии при расследовании катастрофы..

Кроме того, часть свидетелей указала, что рампа визира не открылась полностью, а значит, вода могла проникнуть в судно и иным путем. Значительная часть спасшихся отметила, что перед катастрофой слышали один сильный удар или взрыв; многие слышали два — причем второй сильнее. Исходя из этого, государственная комиссия делает вывод, что толкование показаний свидетелей совместной комиссией было произвольным.

Установлен также ряд неточностей в выводах совместной комиссии по поводу технических обстоятельств катастрофы.

В отношении пункта пятого сказано, что в распоряжении совместной комиссии имелась видеозапись показаний одного из водолазов, который утверждал, что принимал участие в водолазных работах уже через несколько дней после катастрофы и обнаружил по правому борту пробоину с признаками взрыва. Пробоина пересекала ватерлинию, была вытянутой формы и имела около четырех метров в высоту. С председателем совместной комиссии данный свидетель встретиться не пожелал, заявив, что его показания в тот момент доставили бы ему одни неприятности. Шведские власти дали председателю совместной комиссии туманные и противоречивые комментарии, было также указано, что свидетелю нельзя доверять, а его слова не соответствуют действительности.

Указанный свидетель назвал еще двух участников той водолазной операции. Один из них, как утверждается, руководитель команды водолазов, и сейчас является офицером ВМФ Швеции. Комиссия обратилась к шведским официальным лицам с просьбой допросить офицера, однако до сих пор такой возможности предоставлено не было. Шведская стороны сообщила, что офицер отказывается от встречи.

В заключительном отчете совместной комиссии значилось, что визир "Эстонии" был обнаружен 18 октября 1994 года. У государственной комиссии есть основания считать, что на самом деле визир был найден и заснят на пленку девятью днями ранее: в распоряжении комиссии имеется факс на шведском языке, на котором и автоматическими часами аппарата, и от руки указана дата 10 октября. В факсе значится, что шведская команда вышла к месту катастрофы еще 9 октября. Автор факса признал наличие документа, но от комментариев категорически отказался.

Также выяснилось, что, вопреки заявлениям о том, что подводные камеры не снимали автомобильную палубу, из лог-файлов ясно видно, что камера там была, и проникла туда, видимо, не через носовое отверстие, образовавшееся после отделения носового люка. Запись на кассете плохого качества и постоянно прерывается.

В переданной водолазной фирмой видеокассете также видно, как водолазы ищут и в конце концов находят в каютах шестой палубы какой-то чемодан. Это зафиксировано и в лог-файле видеокассеты. То, что разыскивался конкретный чемодан, ясно из предварительных действий водолазов, а также из того, что в ходе операции водолаз тщательно по буквам читал имена на бирках багажа. Руководитель команды водолазов все это отрицает, заявляя, что такого распоряжения не отдавал.

Членам государственной комиссии осталось непонятным, почему водолазам было приказано не давать никаких отчетов относительно поисков на передней палубе и капитанском мостике. Это подтверждено документально договором с фирмой, производившей исследования.

По причине приведенных выше противоречий и указанных обстоятельств, госкомиссия пожелала встретиться с водолазами фирмы Rockwater. Поскольку один из пунктов договора с водолазами предписывает им хранить молчание, комиссия обратилась к подписавшему данный договор со стороны шведского государства Йохану Франсону все же допросить водолазов. Франсон ответил отказом.

1 октября 1994 года посольство Эстонии в Швеции направило в министерство иностранных дел Швеции ноту в отношении того, что эстонского консула не допускают встретиться с находящимися в шведских больница гражданами Эстонии и не сообщают о них никаких сведений. Данное обстоятельство является нарушением Венской конвенции о консульских отношениях.

В распоряжении государственной комиссии имеется также ответ на журналистский запрос, в котором говорится, что у Американского агентства национальной безопасности (National Security Agency) имеются три засекреченных документа, касающихся гибели "Эстонии".